雍正、乾隆的政策给清代书院带来了两大特征：第一，书院建设规模发展到历史上的高峰，书院教育得到全面普及；第二，书院官学化问题更为严重和突出。清代的书院数目超过了以前任何朝代，有1900所，并且完全流为科举和附庸。
清代末年书院改制。书院制度是中国封建社会的产物，它必然随着封建社会的衰落而衰落。因此书院改制不是个人的愿望，而是一种历史的选择。
（二）书院是中国封建制度化的私学
从唐中叶至清末，书院历经一千年之久的办学历史，并形成了一整套独具特色的办学形式、管理制度、教学方法。使源远流长的传统私学趋于成熟、完善。书院因此成为中国古代教育史和学术史上的灿烂明珠。
书院的职事和组织系统由山长（或称院长、洞主、教授，是书院教学管理的主持人）、堂长（或书院主持人山长的别称，或在山长下协助山长管理和教学工作，或从生徒中选任责督课堂记录搜集诸生疑难问题）、学长（或相当于某门学科的教职，或主管书院教务行政的负责人，或书院主要管理学生学业和行止等的生徒首领）、会长（从诸生中选出学行老成成绩优异者充任，负责协助山长评阅考课试卷）、斋长（由山长在诸生优异者中选出，协助山长从事教学、行政、日常生活的管理工作）讲书（主要负责书院经书讲解）、经长（由山长从生徒中精选取熟悉经籍者担任，负责为生徒解析疑文）、监院（一种地位次于山长的书院职事，主要职责是负责书院的行政、财务，以及稽察学生品行等工作）、首先（一种管理书院的职事）掌祠（书院内掌祭祀活动的职事）、掌书（书院内管理图书的职事，负责图书的保管和借阅）以及书办（掌管书院各种卷宗、档案的职事）等组成。
书院三大功能是讲学、藏书、祭祀。书院有分科制度、分斋教学制度、课程规定、考课制度等一套教学管理制度；书院藏书来源于皇帝赐书、私人捐赠、书院购置、书院自己刊刻书籍，藏收特色为主要与教学和学术研究有关，并制定一整套收藏、借阅
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