官学体制中的一个组成部分，亦使得大量私办书院朝着官学化方向转化。
明代虽然重视文化教育，但却将重点放在发展完善各级官学上。明初书院处于沉寂状态。但是在官学成为科举附庸而“士风日陋”时一批为解救时弊的士大夫便纷纷创办、复兴书院，利用书院培养人才。所以在明成化年间以后，不仅那些具有久远讲学传统的著名书院（如白鹿洞、岳麓、武夷、石鼓）等相继复兴，还创办了许多新的书院。明代书院的真正振兴是在正德年间王学思潮兴起后，不仅建立了大批书院，更重要的是他们恢复了书院自由讲学的精神，使书院成为最重要的学术基地。自由讲学的风气盛行不衰，这必然会遭到专制统治者的反对，到了明朝中后期，统治者越来越感到要加强思想控制，于是出现了历史上著名的四次禁毁书院的事件（即明世宗嘉靖十六年正式下令禁毁各地书院；嘉靖十七年“申毁天下书院”；万历七年张居正执政时下令禁毁书院；天启五年下令禁毁东林书院，并波及其他书院，反反映了自由讲学与封建专制主义的矛盾和冲突。但明代书院数量仍远远超过宋、元现两朝，共有书院1239所。且以嘉靖万历年间为最多。从空间上看，明代书院遍及19个省，但主要集中在江南地区，尤其以江西、福建、浙江、湖南为多。这与当时的政治、经济，尤其是学术的发展，关系十分密切。
满族入关后，清朝统治者虽然采取崇儒重教的政策，但是对书院则持严厉的抑制态度，阻碍了书院的发展。康熙雍正后，书院又逐步恢复起来，其中不仅包括民间私人创建的，还包括许多地方官的崇教之举。康熙提倡程朱理学，并赐颁御书“学达性天”匾额给白鹿洞书院、岳麓书院，赐额“学道还淳”匾额给苏州紫阳书院。康熙此举在客观上起到了支持书院的作用。雍正改限制的消极防范的政策为积极主动的态度，发上谕肯定书院的社会作用，并在经济上提供了保障，对清代书院的发展起了促进作用。乾隆不仅经济上资助书院建设，尤其重视师长的任命、奖励、提升和书院学生的录取考核。
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