干半岛地区的马其顿帝国对波斯帝国战争中，亚历山大大帝陷赫拉特城后建筑堡垒。前312年，该区成为希腊化的塞琉古帝国的一部分。前246年，该区成为中亚希腊化王国的狄奥多特一世的巴克特里亚的一部分。前167年，赫拉特为帕提亚帝国的一部分。
300年左右，赫拉特成为萨珊王朝治下的基督教的中心，设有一名景教派主教。484年赫拉特为嚈哒帝国的一部分。644年，之后成为阿拉伯帝国的一部分。786年-809年，赫拉特是阿拔斯王朝的一部分，后先后被塔希尔王朝和萨法尔王朝统治。867年-869年，纳入萨曼王朝统治。1040年前，从属于伽色尼王国，1040年始被塞尔柱帝国统治。
1175年，被阿富汗中部的古尔王朝占领，后归属阿拉乌丁.摩诃末的花剌子模帝国。在这时期，赫拉特发展成为金属品制造业的中心，尤以镶金银的铜器闻名。
1405年帖木儿死，沙哈鲁登上帖木儿帝国皇帝宝座，立赫拉特为首都。沙哈鲁皇帝悉心建设赫拉特，终于将它建设成为一个媲美撒马儿罕的美丽城市。
1413年沙哈鲁王遣使么赉到中国朝贡；同年明太宗派遣中官李达、吏部验封司员外郎陈诚等9人使团出使帖木尔帝国，访问赫拉特。
15世纪末叶，古哈尔沙德女王营建带双尖塔的穆塞拉伊斯兰教清真寺。古哈尔沙德陵被认为是帖木儿帝国的代表性建筑之一。
1405年帖木儿临终时，封第四子沙哈鲁于此，后建为首都。
明永乐帝朱棣曾遣使通帖木儿帝国，沙哈鲁亦派使访明。赫拉特有些古建筑上还留有中国式的图案。这里清真寺布满全城。始建于11世纪初著名的贾米清真寺，经15世纪重建，可容8万人同时礼拜，是世界上最大的清真寺之一。
清真寺北门后有豪华的古尔王朝皇帝的陵墓。
城郊有帖木儿帝国苏丹·侯赛因·拜卡拉创建的伊斯兰教经学院，4座尖塔高耸挺拔，为本城的标志之一。
城西的郭瓦沙古学府系沙哈鲁之后裔建
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