军全线撤退，政府军跟踪追击。6月占人吉，7月克都城，8月取延冈，9月追至西乡叛军的巢穴鹿儿岛城山，经过23天的围城战斗，城山于9月24日被政府军攻破，西乡中弹后“徐徐跪坐，俨然正襟，向东遥拜”，请跟在后面的萨军大将别府晋介担任介错，斩下了自己的头颅……
历时8个月的西南战争，除却战争给交战双方以及社会经济带来的破坏和负面压力，在推动日本明治维新前进和近代日本的崛起方面起到了奠基式的作用。
西乡隆盛为代表的萨摩保守派的覆亡，代表着日本士族阶层的倒台。而幻想着“王政复古”的旧时代地主大名也就此打消了在政治上与资产阶级维新派一争高下的念头。经过这场战争，明治政府渡过了政权建立初期风雨飘摇的局面而日趋巩固，维新改革派也就此一举奠定了在日本全国的集权地位。
思想统一、步调一致的日本在大久保利通、木户孝允、山县有朋等人的领导下，迅在政治、经济、社会、军事等各领域推行进一步的深化改革。日本的资本主义得以飞展，日本开始进入到向近代化国家稳步展和对外扩张的快车道。
萌总裁决定亲自出巡朝鲜，并且在日本的这场最后的战争中，做点事情了。