总统，撰写竞选文宣，柏杨将fellows（伙伴们）翻译为全**民同胞们..，遭国民政府情治单位理解为对蒋中正父子的暗讽。以**间谍及打击国家领导中心的罪名逮捕，判处十二年有期徒刑，1969年起囚於台北县景美镇军法监狱。
不过根据台湾作家、时事评论家李敖的说法，《大力水手》是由一位女性侨生翻译，柏杨只是照抄才出事情。
1969年倪明华提出离婚要求，结束十年的婚姻，柏杨在狱中绝食二十一天。
1972年跟台北其他政治犯一同解送到国防部绿岛感训监狱。1975年，因蒋中正逝世，而减刑三分之一为八年有期徒刑。
1976年刑满后仍被留置於绿岛。后来因为国际特赦组织等人权团体的要求才被释放，共被囚禁九年又二十六天。
柏杨在狱中完成了《中国人史纲》、《中国帝王皇后亲王公主世系录》、《中国历史年表》三部书稿。原本还有第四部《中国历代官制》，因为参考书於1975年被官员搜去保管，所以只写了一半。
1978年与后来任教於北一女的诗人张香华女士结婚。出狱后柏杨专事写作，其中1983年开始。他开始着手译写《柏杨版资治通监》，以整体规划，分期出版的方式发行，至1993年72册全部完成。
1985年《丑陋的中国人》出版，针对华人集体文化和性格上的缺点作出批判和探讨，引发全球华人社会热烈争论，1986年秋中国大陆掀起柏杨热潮。不久，中国学运爆发，**迁怒，柏杨於1987年霎时成为罪犯。其所有着作在中国大陆遭到全面查禁，直到2004年方重新正式授权出版。
柏杨也积极推动有关人权事务，1994年担任国际特赦组织台湾分会创会会长。
自从1994年进行心脏手术，接着一连串大病之后。柏杨的健康每况愈下。2000年5月20日接受**聘任为国策顾问一职。
2006年9月，因为年龄和健康的理由。宣布封笔，不再在公众场合露面和接受访问。同月出版的
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