《柏杨曰》大陆新版序成为其封笔之作。
2006年，柏杨同意将56箱、共计11745件文献、文物捐赠予中国现代馆，并於2007年2月6日举行柏杨捐赠文献文物入藏新闻发布会正式移交。
另外，柏杨亦为国立台南大学首位荣誉博士，南大柏杨文物馆亦於2007年6月27日开幕，系3月31日捐赠予校方。包括1949年抵台后的重要证书、结婚证书、资治通监手稿、校对稿、杂文手稿等，与北京的藏量等量。
柏杨於2008年2月24日因肺炎并呼吸衰竭住进医院，2008年4月29日凌晨1点12分在台湾新店耕莘医院病逝，享寿88岁。
2008年5月17日，依其遗愿海葬，家属将柏杨骨灰撒入绿岛海域，另留部分骨灰择日带回中国大陆安葬，经过遗孀张香华的努力，柏杨部分骨灰於2010年9月12日被安葬在故乡河南新郑的福寿园陵园。
基督徒，1942年柏杨在偃师时进入一座防空洞躲避空袭，遇到一位拿着圣经的中年妇女，祈求主耶稣保护在防空洞里两个人的平安。在确认这个中年妇女是帮柏杨和自己祷告后，当时柏杨的反应是奚落她的信仰。
十几年后他已从大陆到台湾，某个星期天，他在新竹见到一群基督徒，每个拿着圣经的中年妇女，都好像当年在防空洞中的那位对柏杨传福音的妇女，他身不由己的随着她们走进教堂。从此开始聚会成为基督徒。
柏杨后来曾参加安息日会，甚至在国际青年归主协会函授学校担任过函授教师，与台北仁**路浸信会的齐永培女士有过一段婚姻。
基督教给我的裨益太多，柏杨如此说。2008年5月14日15时，柏杨的安息追思会在台北市台湾基督长老教会济南教会举行。
柏杨妻子张香华说丈夫的小说很糟糕，并认为其杂文比小说好，但《中国人史纲》和《柏杨版通鉴记事》则写得很好，因为很有开创性，用的文体和杂文完全不同。
柏杨好友，物理学家孙观汉说：每个人差不多都知道自己可自豪的一
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