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军政军令职能分开后，部队的行政管理由行政首长负责，而官兵们作战能力如何，对部队战斗力的提升有多大贡献则由军令部门来评估，它就不会是一个长官说了算。这样一来，不同的评价体系不同的评估系统的使用，不仅对于官兵们的考核更全面，对官兵们的晋升也显得更公平，也避免了依附某一军将，形成团团伙伙的现象发生。本着军政管训，军令管战的原则，必定也要对兵部和枢密院的责权进行调整。
兵部在宋朝是个十分尴尬的部门，前期职事为枢密院、三班院所分，只剩下掌管仪卫和武人科举。元丰改制后，兵部的状况也没有多大的改观，职权没有增加多少，兵政仍总于枢密院，武官铨选除授归吏部。本部只掌民兵、厢军名籍、蕃官加恩及领所属司局。故有了名存实亡之讥、冗职之议。
按照赵昺的构想，对兵部现有的职能进行调整和充实，其基本职能是：统一管理全国的武装力量，包括对禁军、厢军、蕃军和乡兵征集、编制、装备和基础训练，以及军工产品的生产和调配，军兵的品级和薪酬的评定、任用和处罚。分管战区的筹建和人员的调配，及都作院、军牧场、军医院和军法院。但是仍然没有实际的军事指挥权。
兵部的职能发生了变化，因而除隶属于尚书省管理外，还直属皇帝双重领导。兵部仍由尚书领导，但是与主管军令的枢密院级别相差两级，难以体现平行管理，于是赵昺将兵部尚书的品级由从二品提高到二品。兵部原有四司：兵部司、职方司、驾部司、库部司，分别执掌兵部事务。后赵昺又将分属工部和枢密院所管的有关军事的驾部、车部、库部、都作院等曹监皆归兵部所辖，已经为此打下了基础。
赵昺这次要对兵部做出重大的调整，通过增减将无关的曹司调整出兵部，而有些要调整到兵部管辖。过去的兵部司相当于办公厅，负责协助主官工作，过去只有一个郎中充任而已。这次要予以增权扩充，将此前由吏部掌管的军官升迁、磨勘、变动、资任和考课转由兵部司管理，有关军人的征募、兵籍和管理全部由兵
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