又因为台风季节而无法及时提供援助，不少西班牙人因此而在当地经历了十分落魄的一段时间。当时被作为第一批移民派遣到当地的铁匠何塞，甚至有一段时间不得不依靠吃老鼠来充饥度日，其惨状可想而知。
到1627年萨尔瓦多城的粮食短缺困境依然没有得到缓解，瓦尔德斯不得派出一队士兵前往淡水河地区驻扎，准备与附近圭柔社的土著谈判收购粮食。然而当地部落联合起来驱赶西班牙人，有七名西班牙人在冲突中被杀，剩下的人逃回了鸡笼港。次年瓦尔德斯派出了更多的兵力前往淡水，打败了当地的土著并劫掠了粮食。最后土著以割让土地为条件与西班牙人议和，圭柔社迁离当地，于是瓦尔德斯下令在当地又新建了一处据点，后来被命名为圣多明哥城（santodomingo）。
1630年，瓦尔德斯卸任回到马尼拉，由阿尔卡拉索（juandealcarazo）就任鸡笼第二任长官，同年格斯曼（luisdeguzman）就任首任淡水长官。
鸡笼淡水两地相隔距离虽然不远，但由于来往两地间的海岸线过于崎岖，海上航路又受限于季风和洋流的时节，西班牙人便开始另行寻找一条陆上通道。1632年阿尔卡拉索派遣80名士兵沿着淡水河逆流而上，寻找到了基隆河的水脉，最终在台北盆地内找到了一条连接两地的内陆通道。而这两条水脉沿途的土著部落，后来也陆续被西班牙人武装征服。
1632年4月，台湾岛北部还发生了一件大事，一艘西班牙船因为天气原因漂流到了台湾岛东岸的兰阳平原，即后世台湾宜兰县一带。船上的船员和乘客全部遭当地的噶玛兰族杀戮，这让早就觊觎此地的阿尔卡拉索终于找到了动手的理由，派出军队摧毁了当地的七个村落，并杀死了不少噶玛兰人作为报复。当然了，这块肥沃的临海平原自此也就被西班牙人顺理成章地收入到囊中。
但尽管西班牙人在台湾岛北部的势力地盘扩张速度超过了南部的荷兰人，其经营状况却并没有因此而变得更好。由于近几年海汉人在福建的强
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