尝试用自己的理解来解读经典，甚至提出不同于官方正统学说的观点。
一位名叫陆淳的隐士，在洛阳刊印了一本薄薄的小册子，名为《论语别裁》。书中，他大胆地质疑了某些历来被奉为圭臬的朱熹（此时尚未出生，此处借用后世概念，意指当时权威注疏）对《论语》的阐释，提出应更注重孔子言论的实践意义和时代背景，而非一味追求微言大义。例如，对“民可使由之，不可使知之”，他提出了一种在当时颇为惊人的解读：此句或有断句之误，或为特定语境下之言，非孔子愚民之本意，孔子倡“有教无类”，正是要使民“知之”。此言一出，虽未引起大规模公开论战（因其流传范围尚小），却在一些思想激进的年轻士子中引起震动，有人斥为“妄解经义，惑乱人心”，也有人暗中叫好，认为“陆氏之说，颇合情理”。
更有甚者，一些接触过佛道思想，或对“格物院”所倡导的实证精神有所了解的士人，开始尝试用新的视角看待世界。一本在长安地下书坊秘密流传、作者署名为“西山野客”的小册子《问古》，言辞更为犀利。书中不仅质疑汉代以来“天人感应”、“谶纬神学”的虚妄，甚至对儒家经典中某些涉及天道、性命、鬼神的内容，也提出了基于常识和理性（虽然还很朴素）的疑问。书中写道：“圣人亦人，其所言所行，固为万世法，然岂能字字珠玑，句句合乎万世之情？三代之制，适于三代，岂能一成不变以绳今世？今格物院以实测验算，可知风雨雷电非关天神震怒，农桑丰歉系于人力天时。则治国安邦，亦当求实理，察实情，行实事，岂可一味泥古，空谈仁义？”
这种带有朴素理性主义和实用主义色彩的思考，虽然零星、隐晦，且面临巨大的正统压力，但其出现本身，就预示着思想领域的坚冰正在出现裂痕。
第三，是伴随着工商业发展和对外交流而来的、对“本末”、“义利”、“华夷”等传统观念的冲击。
一些为工商业辩护、强调“通商惠工，富国强兵”的言论开始增多。扬州一位
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