对促进国有企业从纯粹的行政机关附属物转变为“独立自主”的法人发挥了一定的积极作用，但是由于这种理论同样是计划经济的产物，故它不但不能适应我国目前的形势发展，而且在法理上有很大的问题。所以，自从两权分离被我国法律采纳之后，学术界对它进行了多年的探讨，产生的“成果”可以说是汗牛充栋，但是到目前，对“两权”如何分离并没有一种让人信服的观点。
“两权分离”一说在法理上最大的问题是不符合市场经济的交易规则。市场经济条件下任何交易都是权利的转移，商品交易就是所有权的转移。如果坚持国家对企业占有的财产有所有权，而企业只有经营权，那么当一个国有企业从他人手中购买一件物品时，企业本来只拥有经营权，但是他人买到的是所有权。唯一例外的是国有企业之间的交易，其中只发生经营权的转移。这种物上权利时而大时而小、时而是这种权利、时而是那种权利，如同斯芬克斯之迷一样的变换，既违背交易常识又违背法理。故“两权分离”理论在实践中是站不住脚的。
从所有权作为充分的支配权这个物权法的一般规则来看，市场经济条件下的企业，不论是国有企业还是其他企业，都享有着实际的所有权。因为：（1）企业对其占有的全部财产行使的权利，包括公认的所有权的全部权能。而国家未行使对企业具体占有的物的法学意义的支配权。（2）按照现代的投资法律关系建立的企业，国家作为投资人只享有股权，而企业享有法人所有权。这是普遍承认的法律规则。（3）承认企业的法人所有权，也是市场经济的必然要求。因为市场交易，就是所有权的交换。企业在市场上的行为，就是行使所有权的行为。所以，我国国有企业的财产所有权，应当确定为法人所有权。（孙X忠《论物权法（修订版）》第490～491页）
孙教授断定“所有权与经营权分离”的法理逻辑是错误的。但他没有证明国家与国有企业都有什么样的物权，更没有提及全民所有的制度信托所有权问题，以及主制度信
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