书分上下两卷.，上卷以长江口的太仓刘家河即郑和下西洋的出发港为开洋出发点，分南北两条航线：南线经南海，印度洋，抵波斯湾的忽鲁谟斯国；北线经黄海，渤海，抵鸭绿江出海口。真可谓从东洋到西洋，从南洋到北洋，八万里水路，要设多少督护府？这样的眼光，已超越海防，含有了以海权立国的思想。海防背靠沿海，以海岸线为依托，海权，则跟着海外贸易走。
航海往西南去，至忽鲁谟斯国，据说，郑和七次下西洋，其中有三次到了忽鲁谟斯，还将其作为基地，从那里派遣分舰队赴红海和东非。有人说，忽鲁谟斯在波斯湾与阿曼湾之间的霍尔木兹海峡中，是一个离海岸不远的海岛。也有人说，忽鲁谟斯，就是霍尔木兹的音译，就是那时的伊朗。
把海权伸到波斯湾，如此想法并非破天荒，郑和下西洋已经这么做了，吴朴的海权思想，可以看作是对郑和下西洋行动的一次历史性的总结。据说，吴朴《渡海方程》，就是在对郑和下西洋的针路和十五世纪以来流传于民间的诸多水路簿进行综合整理的基础上形成的，对于沿海山形水势，航路远近，水道深浅，都有记述，并附有山屿识别图。书分经、图，“经”以记海国里程，且述其海权思想，“图”以志海中山屿，为航海标示。后来，“经”入《顺风相送》，“图”入《郑和航海图》，原著消失了。
从郑和下西洋到吴朴著《渡海方程》，约一百来年，从《渡海方程》到茅元仪著《武备志》，亦将近一百来年，《渡海方程》刊印前，以郑和下西洋为标志，中国有过一个海权时代，吴朴的海权思想，便是这时代的反映。《渡海方程》刊印后，“筹海派”兴起，以郑若曾撰《筹海图编》为代表。
吴朴的海权思想，源于闽地故乡——漳州诏安梅岭，那里是海湾吞吐之域，海商往来口岸，海盗出没所在，川流不息的下海者，前赴后继的耕海人，“或出本贩番，或造船下海，或勾引贼党，或接济夷船”，吴以布衣混迹其间，“于天文地理，古今事变，四夷山川，道路远近险夷，无不在其胸中”，曾从征安南而返
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