在他自己的时代，笛卡儿被指控宣扬秘密的自然神论和无神论信仰。与他同时代的布莱兹、帕斯卡说。我不能原谅笛卡儿；他在其全部的哲学之中都想能撇开上帝。然而他又不能不要上帝来轻轻碰一下，以便使世界运动起来；除此之外。他就再也用不著上帝了。
史蒂芬、高克罗格的笛卡儿传记中写到，他作為一个天主教徒有著很深的宗教信仰，并一直保持到他死的那一天，并带著坚定的，热情的探索真理的渴望。
在笛卡儿死於瑞典后，克里斯蒂娜女王放弃了她的王位转信罗马天主教（瑞典法律要求统治者是新教教徒）。
她一直联繫的仅有的天主教徒就是笛卡儿，他曾是她的个人家庭教师。
笛卡儿被广泛认為是西方现代哲学的奠基人，他第一个创立了一套完整的哲学体系。
哲学上，笛卡儿是一个二元论者以及理性主义者。笛卡儿认為，人类应该可以使用数学的方法——也就是理性——来进行哲学思考。
他相信，理性比感官的感受更可靠。（他举出了一个例子：在我们做梦时，我们以為自己身在一个真实的世界中，然而其实这只是一种幻觉而已，似如庄周梦蝶）。
他从逻辑学、几何学和代数学中发现了4条规则：
1、绝不承认任何事物為真，对於我完全不怀疑的事物才视為真理；
2、必须将每个问题分成若干个简单的部分来处理；
3、思想必须从简单到复杂；
4、我们应该时常进行彻底的检查，确保没有遗漏任何东西。
笛卡儿将这种方法不仅运用在哲学思考上，还运用於几何学，并创立了解析几何。
由此，笛卡儿第一步认為怀疑就是出发点，感官知觉的知识是可以被怀疑的，我们并不能信任我们的感官。
所以他不会说我看故我在、我听故我在。从这裡他悟出一个道理：我们所不能怀疑的是我们的怀疑。
意指：我们无法去怀疑的，是我们正在怀疑这件事时的怀疑身，只有这样才能肯定我们的怀疑是有真实性的。并非虚假的產
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