，刘毅打算借二人在中央的力量，与地方遥相呼应，逐步吞噬刘裕的势力范围，并最终将其消灭。
既已控制了长江上游，刘毅便上疏要求兼任交广二州军区司令长官，并请任命郗僧施为南蛮保安司令官、兼后将军府军政官，毛修之为南郡郡长。
毛修之作为蜀中毛氏的后裔，西蜀将毛氏灭族之后，毛修之暂时投身当时的西征军元帅刘毅的门下，期待入蜀报仇雪恨，但他与刘毅的关系并不是很亲密，两人只是互相利用，毛修之固然想报仇，刘毅则是想利用他在蜀中的影响，为将来布局。
刘裕接到刘毅的各项申请，几乎想都没想就批准了。
刘毅于是更加变本加厉，抵达江陵任所之后，大批更换郡县长，抽调豫州、江州的文武官员和武装民兵一万多人，跟随自己。
估计是用力过猛，就在刘毅自觉顺风顺水的时候，却忽然病倒了，郗僧施等人恐怕刘毅死后，党羽会受到清算，于是劝刘毅请他的堂弟、兖州督导官刘藩，作为自己的助手，将来也有个照应。
刘毅认为可行，刘裕也表示没有意见，满口答应了刘毅的上疏，刘藩于是从州政府所在地广陵，前往京城朝见。
但就在这时，刘裕却突然发难，毫无征兆地用安帝的名义发布诏书，宣布刘毅的罪状，指控刘毅、刘藩、谢混共同阴谋叛变，直接逮捕了刘藩和谢混，让他们自杀。
第二天9月13日，刘裕下诏任命前会稽郡长司马休之为荆雍梁秦宁益六州军区司令长官、兼荆州督导官，北徐州督导官刘道怜为兖青二州督导官，镇守京口，豫州督导官诸葛长民为全国武装部队总司令部留守总监。
刘裕此时也对诸葛长民动了杀心，于是加授刘穆之为建武将军，设立建武将军府，名义上负责遴选参谋官员，实际上是防范诸葛长民警觉之后的意外变故。
诸葛长民当年和刘裕、刘毅一同出道，几年来也颇有军功，而且资历深厚，很有自己的主见，终于不免遭受老朋友的猜忌。
9月15日，刘裕亲率各路大军从建康出发，西上讨伐刘毅，并于半个
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